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GPDCF-UFPR

Estrutura de Pesquisa

Infraestrutura

Conheça o pipeline computacional e as principais ferramentas utilizadas pelo GPDCF-UFPR em suas atividades de pesquisa.

Pipeline de Descoberta Computacional

Ferramentas utilizadas no GPDCF-UFPR

Pipeline de descoberta computacional do GPDCF-UFPR: RDKit (química informacional), DataWarrior (visualização e análise de dados químicos), Open Babel (conversão de formatos), KNIME (integração e automação de workflows), GOLD (docking molecular), PyMOL (visualização 3D), ChimeraX (visualização avançada), GROMACS (dinâmica molecular), SwissADME (predições ADME) e Scikit-learn (aprendizado de máquina).

Ferramentas do Pipeline

Softwares e bibliotecas por função

Dez ferramentas do pipeline: RDKit — química informacional e manipulação molecular; DataWarrior — visualização e análise de dados químicos; Open Babel — conversão de formatos e modelagem molecular; KNIME — integração, análise e automação de workflows; GOLD — docking molecular e ranqueamento; PyMOL — visualização 3D e análise estrutural; ChimeraX — visualização avançada e análise molecular; GROMACS — dinâmica molecular e simulações; SwissADME — predições ADME e propriedades farmacocinéticas; Scikit-learn — aprendizado de máquina e modelagem preditiva.

Recursos e Capacidades

O que o pipeline permite fazer

  • Química informacional, manipulação e conversão de estruturas moleculares (RDKit, Open Babel, DataWarrior)
  • Docking molecular, triagem virtual e ranqueamento de compostos (GOLD)
  • Dinâmica molecular e estudos de estabilidade de complexos proteína–ligante (GROMACS)
  • Visualização e análise estrutural 3D (PyMOL, ChimeraX)
  • Predição in silico de propriedades farmacocinéticas e ADMET (SwissADME)
  • Integração, automação de workflows e aprendizado de máquina aplicado à priorização de moléculas bioativas (KNIME, Scikit-learn)